US 11,866,518 B2
Bicyclic peptide ligands specific for TSLP
Frank Narjes, Sodertalje (SE); Tor Svensson, Sodertalje (SE); Pavol Zlatoidsky, Sodertalje (SE); Lotta Hidestal, Sodertalje (SE); Liuhong Chen, Cambridge (GB); Michael Skynner, Cambridge (GB); and Sophie Watcham, Cambridge (GB)
Assigned to BicycleTx Limited, Cambridge (GB)
Filed by BicycleTx Limited, Cambridge (GB)
Filed on Apr. 6, 2021, as Appl. No. 17/223,244.
Claims priority of provisional application 63/005,744, filed on Apr. 6, 2020.
Prior Publication US 2022/0363718 A1, Nov. 17, 2022
Int. Cl. C07K 7/64 (2006.01); A61K 47/54 (2017.01); A61K 38/00 (2006.01)
CPC C07K 7/64 (2013.01) [A61K 47/545 (2017.08); A61K 38/00 (2013.01)] 19 Claims
 
1. A peptide ligand specific for thymic stromal lymphopoietin (TSLP) comprising a polypeptide comprising at least three cysteine residues, separated by at least two loop sequences, and a molecular scaffold which forms covalent bonds with the cysteine residues of the polypeptide such that at least two polypeptide loops are formed on the molecular scaffold, wherein said peptide ligand comprises an amino acid sequence selected from:
(SEQ ID NO: 1)
CQ[TrpMe][tBuA]QDC[TrpMe][ADMA]G[4F3ClPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 2)
CQ[TrpMe][tBuA]QDC[TrpMe]ADMA]G[4-FPhe]C;
 
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CQ[TrpMe][tBuA]EDC[TrpMe][ADMA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 4)
CQW[tBuA]EDCWRG[4-FPhe]C;
 
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C[AMe][TrpMe][tBuA]Q[MeD]C[TrpMe][ADMA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 6)
CQWLEDCWRG[4F3ClPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 7)
C[AMe][TrpMe][tBuA]QDC[TrpMe][LysMe3]G[4-FPhe]C;
 
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CQWLQDCWRG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 9)
CQWLEDCWRG[3,4diClPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 10)
C[AMe][TrpMe][tBuA]QDC[TrpMe][ChMeA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 11)
CQ[TrpMe]LEDC[TrpMe][ADMA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 12)
CQWLEDCWRG[4-ClPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 13)
C[AMe][TrpMe][tBuA]QDC[TrpMe][ADMA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 14)
CQ[TrpMe]LEDC[TrpMe]RG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 15)
CQWLEDCWRG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 16)
C[AMe][TrpMe][tBuA]QDC[TrpMe][ADMA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 17)
CHWLEDCWRG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 18)
CQWLQDCW[ADMA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 19)
CQ[5FTrp]LEDC[5FTrp]RG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 20)
CQWLEDCWRG[3,4diFPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 21)
CQWLENCWRG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 22)
C[AMe][TrpMe][tBuA]QDC[TrpMe][AcK]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 23)
C[AMe][Nal1][tBuA]QDC[TrpMe][ADMA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 24)
CQWLEDCWRG[4-BrPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 25)
CQ[Nal1]LEDCWRG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 26)
CWWLQDCW[ADMA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 27)
C[AMe]WLEDCW[ADMA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 28)
CQW[iPrMeA]EDCWRG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 29)
CQWLEDCWRG[3-ClPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 30)
C[AMe][TrpMe][tBuA]QDC[TrpMe][NeopentA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 31)
C[AMe][TrpMe][tBuA]QDC[TrpMe][Cha]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 32)
C[AMe][Nal1]LQDC[TrpMe][ADMA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 33)
CQWLEDCWRG[3,4,5triFPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 34)
CQ[Nal1]LEDCW[ADMA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 35)
CQWLFDCWRG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 36)
C[AMe][TrpMe][tBuA]QDC[5FTrp]RG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 37)
CQWLEDCWRG[3-F,4-ClPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 38)
CQWLEDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 39)
CQW[tBuA]EDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 40)
C[AMe][TrpMe][tBuA]QDC[TrpMe][BnA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 41)
CQWLEDCWRG[Nal1]C;
 
(SEQ ID NO: 42)
CQWLEDCWRG[Nal2]C;
 
(SEQ ID NO: 43)
CQWMEDCWRG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 44)
C[AMe][TrpMe][tBuA][Aib]DC[TrpMe][ADMA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 45)
CQWIEDCWRG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 46)
CQWLEDCWRG[3,5diF, 4ClPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 47)
CQWLEDC[4-ClNal]RG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 48)
CA[Nal1]LEDCW[Harg]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 49)
CTWLEDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 50)
CQW[CpentA]EDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 51)
CAWLEDC[Nal1]RG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 52)
CQWLEDCW[4-PipA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 53)
C[AMe][TrpMe][tBuA]QDC[TrpMe][ADMA]G[4-ClNal]C;
 
(SEQ ID NO: 54)
CVWLDDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 55)
CQWLEDCWRG[3-MePhe]C;
 
(SEQ ID NO: 56)
 
CHWLEDCWRGFC;
(SEQ ID NO: 57)
 
CTWLDDCWRGFC;
(SEQ ID NO: 58)
CQWLEDCWRG[4-CF3Phe]C;
 
(SEQ ID NO: 59)
CQWLEDCWRa[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 60)
CQW[CproA]EDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 61)
CQWLEDCW[TriMeK]GFC;
 
(SEQ ID NO: 62)
CQWLEDCW[ADMA]GFC;
 
(SEQ ID NO: 63)
CQW[Cha]EDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 64)
CHWLENCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 65)
CLWLDDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 66)
C[AMe][TrpMe[tBuA]QDC[TrpMe][ADMA]G[3AcNH4ClPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 67)
CTWLEDCWHGFC;
 
(SEQ ID NO: 68)
CQW[Nva]EDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 69)
CQWLEDCWRG[3-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 70)
CQWLEDCWRG[4-MePhe]C;
 
(SEQ ID NO: 71)
CQW[ChMeA]EDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 72)
CHWLDDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 73)
CDWLDDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 74)
CDWLEDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 75)
CEWLEDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 76)
CQWLEDCW[Cit]GFC;
 
(SEQ ID NO: 77)
CQWL[3-ClPhe]DCWRG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 78)
CAWLTDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 79)
CQWLEDC[7-OMeTrp]RG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 80)
CQW[Nle]EDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 81)
CQWLEDCWRG[2-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 82)
CQW[TriFMeA]EDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 83)
CQWLEDCW[HArg]GFC;
 
(SEQ ID NO: 84)
CQWLEDCWRG[Cha]C;
 
(SEQ ID NO: 85)
CA[Nal1]LEDC[Nal1][HArg]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 86)
CRWLDDCWQGFC;
 
(SEQ ID NO: 87)
CQWLQDCFRG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 88)
CQWLEDCWRG[4-CNPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 89)
CNWLEDCWHGFC;
 
(SEQ ID NO: 90)
C[dA]WLEDCWRG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 91)
CQWLEDCWRG[3-CNPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 92)
CQWLEDCW[Can]GFC;
 
(SEQ ID NO: 93)
CQWLEDCWRG[3-ThienylA]C;
 
(SEQ ID NO: 94)
CQWLEDCW[Agb]GFC;
 
(SEQ ID NO: 95)
C[dA]WLEDCW[ADMA]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 96)
CQWLEDCWRG[2ThienylA]C;
 
(SEQ ID NO: 97)
CEWLEDCWKGFC;
 
(SEQ ID NO: 98)
CFWLEDCWRGYC;
 
(SEQ ID NO: 99)
CQWLEDCWRGWC;
 
(SEQ ID NO: 100)
CDWLDDCWKGFC;
 
(SEQ ID NO: 101)
CQWLEDCWRG[4-MeOPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 102)
CQWLEDCWRG[3-BrPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 103)
CWWL[3-ClPhe]DCWRG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 104)
CQ[ButG]LEDCW[ButG]G[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 105)
CQWLEDCWRG[2PyrA]C;
 
(SEQ ID NO: 106)
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(SEQ ID NO: 107)
CQWLEDCWRG[BnA]C;
 
(SEQ ID NO: 108)
CQWLEDCWAGFC;
 
(SEQ ID NO: 109)
CTILEDCWMGFC;
 
(SEQ ID NO: 110)
CQW[Abu]EDCWRGFC;
 
(SEQ ID NO: 111)
CHWLENCWAGFC;
 
(SEQ ID NO: 112)
CQWLEDCWRG[PentFPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 113)
CQW[LMe]EDCWRG[4-FPhe]C;
 
(SEQ ID NO: 114)
CQWLEDCW[Dap]GFC;
 
(SEQ ID NO: 115)
CQWLEDCWRG[4-PyrA]C;
 
(SEQ ID NO: 116)
CQWLEDCWRG[3-PyrA]C;
 
(SEQ ID NO: 117)
CHWLENCW[Dap]GFC;
 
(SEQ ID NO: 118)
CQW[4-MenL]EDCWRG[4-FPhe]C;
 
 (SEQ ID NO: 119)
 
 CESLDPWSCPVWWRC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 120)
 
 CPSLDPWTCQSWYEC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 121)
 
 CTELDPWTCETWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 122)
 
 CRDLDPWTCSSWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 123)
 
 CADLDPWTCPNWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 124)
 
 CVDLDPWTCEQWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 125)
 
 CKDLDPWTCSSWWEC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 126)
 
 CRDLDPWTCPTWWTC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 127)
 
 CTDLDPWTCNSWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 128)
 
 CRDLDPWTCEEWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 129)
 
 CRELDPWTCETWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 130)
 
 CKELDPWTCETWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 131)
 
 C[Orn]ELDPWTCETWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 132)
 
 CQELDPWTCETWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 133)
 
 CTELD[diF-P]WTCETWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 134)
 
 CVDLDPWSCEDWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 135)
 
 CPDLDPWTCPLWWTC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 136)
 
 CPDLDPWTCSDWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 137)
 
 CRDLDPWTCDSWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 138)
 
 CTDLDPWTCPDWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 139)
 
 CTELD[5-Ph-P]WTCETWWLC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 140)
 
 CTELD[Chx-P]WTCETWWLC;
 
 (SEQ ID NO: 141)
 
 CDWQWSYDCWLPC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 142)
 
 CDWVWEYDCWLPC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 143)
 
 CDWDWEYDCWLHC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 144)
 
 CDWHWEYDCWLSC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 145)
 
 CTWNWEYDCWLDC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 146)
 
 CEWNWAYDCWLGC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 147)
 
 CEWNWEYDCWLDC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 148)
 
 CQWNWTYDCWLGC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 149)
 
 CKWMWEYDCWLSC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 150)
 
 CDWQWEYDCWLSC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 151)
 
 CDWNWTYDCWLDC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 152)
 
 CDWNWSYDCWLPC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 153)
 
 CDWDWDYDCWLPC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 154)
 
 CVWHWEYDCWLDC;
 
 
 
 (SEQ ID NO: 155)
 
 CIWDWKYDCWLGC;
 
  (SEQ ID NO: 156)
 
 CSLDPWSCHNWWTC;
 
 
 
  (SEQ ID NO: 157)
 
 CALDPWVCPQWWDC;
 
 
 
  (SEQ ID NO: 158)
 
 CQEHDWYCLLYQPEC; 
 
 and
 
 
 
 (SEQ ID NO: 159)
 
 CDELDIPCWIFKTLC;
of a pharmaceutically acceptable salt thereof.